A vegetação espontânea é sobretudo constituída por carrascais que alternam com formações sub-arbustivas denominados Alecrim. Da antiga cobertura arbórea apenas restam pequenas áreas onde predomina o Carvalho Português e a Azinheira. A Oliveira, associada a culturas arvenses de Sequeiro é o elemento dominante da vegetação não espontânea. Podemos ainda encontrar na flora a Boca-de-Lobo ou a Rosa-Albardeira entre muitas outras plantas características da região.
Tal riqueza e diversidade pode ser observada e sentida na área circundante à entrada das Grutas através do "Jardim dos Cheiros", onde algumas ervas aromáticas (medicinais e culinárias) que crescem espontaneamente em toda a serra de Aire estão neste espaço devidamente identificadas pelo nome científico, tradicional e forma de utilização.
